انطلاقا من إدراكها لأهمية التدريب وتطوير مواردها البشـرية قامت المؤسسـة العامة لتحلية المياه المالحة في العام (1982) بتأسيس وإنشاء مركز تدريب لمنسوبي المؤسسة في كل من الجبيل وجدة، ومنذ ذلك الحين بدأت مسـيرة التدريب بالمؤسسـة وتطوير مواردها بمواكبة أحدث الأسـاليب والنظم والمنهجيات التدريبية في مجال صناعة التحلية، واسـتمر العطاء والنمـو فـي هـذا الجانب عقودا من الزمن بلغت 40 عاماً -مـن فضل الله- بمخرجات نوعية يشهد لها سوق العمل بالمؤسسة وخارجها في القطاعين العام والخاص .

في عاميّ (2010-2011) بدأ المركز تقديم الخدمات التدريبية لمنسوبي القطاعات الأخرى من خارج المؤسسة بعد موافقة مجلس إدارة المؤسسة على التشـغيل الاسـتثماري للمركز وذلك في إطار مشـروع التحول التجاري لعمل المركز، حيث استقطب العديد من العملاء في القطاعين الحكومي والخاص، من داخل المملكة وخارجها .

وفي عام (2019) تم تغيير المسمى من مركز التدريب إلى "الأكاديمية السعودية للمياه" وتطوير الهوية البصرية لها لتفتح بذلك آفاقا أوسع من التدريب والارتقاء بالخدمات التدريبية والانتشار عالميا ونشر المعرفة وفق رؤية طموحة تهدف لتعزيز استدامة إنتاج المياه، وتطمح الأكاديمية إلى تقديم تجربة تعليمية وتدريبية متكاملة، وفق منهجيات وتقنيات التعلم الحديثة، والمتوافقة مع المستهدفات الحالية والمتطلبات والاحتياجات التدريبية لسوق العمل بهدف الارتقاء والعناية بالمورد البشري وتهيئته لسوق العمل كأحد أهم مستهدفات رؤية المملكة 2030 .